Borland Genetics

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"Borland Genetics" besteht aus mehreren Programmen, um Rohdaten zu bearbeiten (Dateien verschmelzen, konvertieren; Rohdaten phasen; virtuelle Kits erstellen; "evil twin" kits erstellen etc.

Inhaltsverzeichnis

Eine Anleitung zur Arbeit mit Borland Genetics

Die ersten Schritte

Softwaredownload

Auf der Seite www.dropbox.com steht die Software zum Download bereit. Neben der Programmdatei gibt es auch eine Powerpointdatei (englisch), die die Funktionen des Programms erklärt.

  1. Schritt: Download der Software
  2. Schritt: Das Programm in einen beliebigen Ordner entzippen. Am besten auf dem Desktop verlinken. Alle Arbeitsdateien MÜSSEN im Verzeichnis Dokumente\BorlandGenetis\Data Library liegen bzw. dort abgelegt werden.

Borland Genetics vorbereiten

  1. Schritt: Man braucht DNA-Kits "Build 37" (Ancestry, 23andme oder andere Anbieter. Bei FTDNA im richtigen Format runterladen!). Die Kits, mit denen man arbeiten möchte, müssen als .txt-Datei in das Verzeichnis "Dokumente\BorlandGenetis\Data Library" kopiert werden. Es ist auf eindeutige Dateinamen ohne Sonderzeichen zu achten. Eine nachträgliche Umbenennung ist schwierig. Bewährt hat sich "VornameNachname_Anbieter.txt"
  2. Schritt: Die Kits müssen nun einzeln in das Programm geladen werden: "Manage DNA Resource" auswählen --> klick auf "Select. Dann “Add B37 resource” auswählen --> klick auf "Select". Die entsprechende Datei wählen --> klick auf "öffnen". Anschließend ist noch eine Frage zum Geschlecht zu beantworten, und ob eine GedMatch Nummer vorhanden ist. Diese Prozedur für alle weiteren Kits durchführen. Die Ressourcenliste speichern! So hat man die Möglichkeit, beim nächsten Programmstart alle Kits gesammelt in das Programm zu laden.
  3. Schritt: Verschmelzen aller Kits einer Person mit dem "Humpty Dumpty Tool". Hier ist die Option 3 "Merge complete mono or stereo resources from the same donor to a single kit" zu wählen. Anschließend die Kits einer Person auswählen --> klick auf "Select". Als Dateiname für das verschmolzene Kit empfielt sich der Name des Probanden und jeweils die Abkürzung für die Anbieter (und ggf. die Chipversion des Anbieters), die verwendet wurden. Sollte kein Proband dabei sein, der bei mehreren Anbietern getestet wurde, dann entfällt dieser Schritt.
  4. Schritt: Projekttemplate erstellen. Die verschiedenen Anbieter der DNA-Tests benutzen unterschiedliche Templates. Damit alle Informationen nutzbar gemacht werden, ist es notwendig, ein Projekttemplate zu erstellen. Wichtig dabei ist, dass nicht nur alle Anbieter, sondern auch alle Chipvarianten der einzelnen Anbieter in das Template eingebunden werden. Und so kommt man zum Projekttemplate: Man wählt im Hauptmenü das "Chameleon Tool". Anschließend wählt man als erstes das im vorigen Schritt verschmolzene Kit,und als zweites ein anderes Kit, mit einem neuen Anbieter, oder einer anderen Chipversion --> klick "Select". Bei einem schnellen Computer empfiehlt sich nun Option 3 zu wählen, da diese Variante verlustfrei arbeitet. Sollte der Computer etwas älter oder langsamer sein, kann auch jede andere Option gewählt werden. Anschließend erhält man zwei Kits (eines für jeden Probanden), die entsprechend mit Namen, alle Anbieter und alle Chipversionen benannt werden. Sollte es weitere Personen geben, die mit weiteren Anbietern oder Chipversionen getestet wurden, ist dieser Schritt mit einem der erzeugten Templates und einem weiteren mit einem zusätzlichen Abieter zu wiederholen. Nun hat man sein Projekttemplate.
  5. Schritt: Mapping weiterer Kits zum Projekttemplate. Nun müssen auch die anderen Kits der Resourcenliste zum Projekttemplate geschrieben werden. Dazu werden im "chameleon tool" zwei Kits ausgewählt. Eines davon muss das erstellte Projekttemplate sein. Hier kann nun die Option 1 oder 2 gewählt werden. Das zweite Kit muss dann immer auf das Projekttemplate geschrieben werden. Als Namensgebung empfiehlt sich Name des zweiten Probanden, alle Anbieter und alle Chipversionen.
  6. Schritt: Alle nun erzeugten bestehenden Kits unter dem Hauptmenüpunkt "Manage DNA Resources" als Resourcenliste abspeichern!

Nun liegen alle Kits auf dem Projekttemplate vor, und es kann damit gearbeitet werden.

Phasing

Beim Phasing wird die gemeinsame DNA in den väterlichen und den mütterlichen Teil getrennt. Dadurch ist es beim matching möglich, Treffer der väterlichen oder der mütterlichen Linie zuzuordnen.

Voraussetzungen

Um mit dem eigenen Kit ein Phasing durchführen zu können, ist zumindest ein weiteres Kit eines Elternteils erforderlich. Besser ist es natürlich, wenn auf jeden Elternteil gephast werden kann.

Anleitung

  1. Schritt: Im Hauptmenü das "Ulitmate Phaser Tool" auswählen --> klick auf "Select".
  2. Schritt: Option 2 "Select 2 Related Individuals for Phasing" auswählen --> klick auf "Select".
  3. Schritt: Nun ist das eigene Kit und das eines Elternteils auszuwählen. Am besten ein Kit, das wie zu Beginn vorbereitet wurde. Nach klick auf "Select" ist ein aussagekräftiger Name zu vergeben.

Als Ergebnis erhält man ein Kit, das ausschließlich den DNA-Anteil des zuvor gewählten Elternteils enthält. Wenn es die Möglichkeit gibt, das Phasing mit dem anderen Elternteil wiederholen.


Literatur

Anmerkungen


Die Doppelhelix der DNA
Weitere Informationen zur DNA-Genealogie siehe Portal:DNA-Genealogie
1-zu-1-Vergleich zweier DNA-Kits bei Gedmatch.com
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